在冷卻塔中使用殺菌劑的另一個(gè)非常重要的原因是防止軍團(tuán)菌的生長，包括導(dǎo)致軍團(tuán)病或軍團(tuán)病的物種，*顯著的是嗜肺L.肺炎桿菌、[24]或鳥分枝桿菌。軍團(tuán)菌是軍團(tuán)病在人群中傳播的主要原因。軍團(tuán)病的傳播主要是通過吸入含有軍團(tuán)菌的霧滴而傳播的。軍團(tuán)菌的常見來源包括用于開放循環(huán)蒸發(fā)冷卻水系統(tǒng)的冷卻塔、家庭熱水系統(tǒng)、噴泉和類似的公共供水系統(tǒng)的傳播者。自然資源包括淡水池塘和小溪

法國研究人員發(fā)現(xiàn)，軍團(tuán)菌從法國加萊帕斯的一家石化工廠的一個(gè)受污染的大型冷卻塔中通過空氣傳播了6公里(3.7英里)。那次疫情導(dǎo)致86名經(jīng)實(shí)驗(yàn)室確認(rèn)感染的患者中的21人死亡

漂(或風(fēng))是指工藝流程中的水滴在冷卻塔排放時(shí)允許逸出。漂移消除器是用來保持漂移率通常為0.001-0.005%的循環(huán)流量。一個(gè)典型的漂移消除器提供了多個(gè)方向的氣流變化，以防止水滴逸出。一個(gè)設(shè)計(jì)良好和安裝良好的漂移消除器可以大大減少水的損失和潛在的軍團(tuán)菌或水處理化學(xué)品暴露。

CDC不建議衛(wèi)生保健機(jī)構(gòu)定期檢測嗜肺軍團(tuán)菌。軍團(tuán)菌的定期微生物監(jiān)測仍然存在爭議，因?yàn)樗拇嬖诓⒉灰欢ㄊ菨撛谥虏〉淖C據(jù)。美國疾病控制與預(yù)防中心建議對已知傳播軍團(tuán)菌的設(shè)備采取積極的消毒措施，但不建議對這種細(xì)菌進(jìn)行定期的微生物檢測。但是，在軍團(tuán)菌感染(例如造血干細(xì)胞移植單位或?qū)嶓w器官移植單位)極易導(dǎo)致疾病和死亡的某些情況下，可以考慮對醫(yī)院內(nèi)飲用水進(jìn)行定期監(jiān)測。此外，在軍團(tuán)病爆發(fā)后，衛(wèi)生官員同意有必要進(jìn)行監(jiān)測，以確定傳染源并評(píng)估殺微生物劑或其他預(yù)防措施的有效性

研究發(fā)現(xiàn)，40%到60%的冷卻塔存在軍團(tuán)菌.